Terdapat 2 jenis kapal yang melayani rute perjalanan menuju Kepulauan Seribu yaitu Kapal Dinas Perhubungan dengan kisaran harga tiket Rp 44.000-Rp 74.000 dan Kapal Tradisional dengan harga tiket Rp82.000-Rp150.000.
Terdapat 3 jalur lintasan utama angkutan perairan yang dilayani di Pelabuhan Muara Angke, yakni:
- Lintasan utama jalur pertama, yaitu: Muara Angke - Untung Jawa - Lancang - Tidung
- Lintasan utama jalur kedua, yaitu: Muara Angke - Pari - Pramuka
- Lintasan utama jalur ketiga, yaitu: Muara Angke - Kelapa – Sebira
